Madrasah Tsanawiyah Negeri 6 Tebo, awalnya bernama Madrasah Tsanawiyah Negeri Tebo Ilir sesuai dengan SK Menteri Agama Nomor 48 Tahun 2019.

Latar belakang berdirinya Madrasah Tsanawiyah Negeri 6 Tebo, berawal dari Yayasan Al – Hidayah yang bergerak di dalam bidang Pendidikan yang diketuai oleh Zaharuddin (Tool). Seiring dengan perkembangan zaman, Masyarakat menginginkan MTs yang di bawah naungan Yayasan Al – Hidayah dapat di Negerikan oleh pemerintah (Kementerian Agama). Oleh sebab itu, pada tahun 2009 MTs. S Al – Hidayah Resmi menjadi MTsN Tebo Ilir sesuai dengan SK Menteri Agama Nomor 48 Tahun 2019.